蛋白质纯度一般是在原液中进行，是重组蛋白质药物检测的重要指标之一，它反映目的蛋白的纯度或其他杂蛋白含量，对蛋白的活性和药品的安全使用具有重要影响。目前常用的纯度鉴定方法有：非还原型SDS-PAGE、高效液相色谱（HPLC）、质谱分析（MS）、毛细管电泳（CE）、等电聚焦（IEF）等。蛋白质纯度的鉴定一般采用两种以上的方法，而且是两种不同分离机制的方法来判定才能比较可靠。我国药典规定的法定方法是用非还原型SDS-PAGE 及HPLC两种方法，一般要求重组蛋白的纯度均不低于95%。

大多数蛋白与阴离子表面活性剂十二烷基硫酸钠（SDS）结合成蛋白-SDS胶束，所带的负电荷大大超过了蛋白原有的电荷量，这样就消除了不同分子间的电荷差异和结构差异，蛋白质的迁移率主要取决于它的相对分子质量，而与所带电荷和分子形状无关。

电泳的染色方法分为银染法和考马斯亮蓝R-250染色法。银染法较为灵敏，检测限在1～10ng范围，上样量应不低于5μg；考马斯亮蓝染色法检测限在0.1μg范围，上样量应不低于10μg。电泳检测结果应无明显杂带，经凝胶成像仪分析目的蛋白量应不低于总蛋白含量的95%。

凝胶的配制根据供试样品分子量的不同，一般分子量越大，选用分离胶浓度越小；分子量越小，选用分离胶浓度越大（表5-3）。

高效液相色谱法（high performance liquid chromatography，HPLC）以液体为流动相，采用高压输液系统，将具有不同极性的单一溶剂或不同比例的混合溶剂、缓冲液等流动相泵入装有固定相的色谱柱，在柱内各成分被分离后，进入检测器进行检测，从而实现对试样的分析。作为重要的分离分析技术，已广泛应用于医药行业中。

常用的色谱柱有凝胶过滤色谱、离子交换色谱、反向色谱和疏水色谱等；常用的检测器包括示差折光检测器、紫外吸收检测器、二极管阵列检测器、荧光检测器、蒸发光散射检测器、电化学检测器等。正确选择色谱分离方法应根据样品的有关性质，并熟悉各种色谱方法的主要特点及其应用范围。