由于待纯化的混合物组分复杂，因此在纯化过程中填料的选择及合理的串联手段是影响产品纯度及收率的重要因素。纯化过程中不仅要控制蛋白的纯度和收率，还应控制外源性DNA残留量、宿主蛋白残留量及细菌内毒素均在规定限度以下。纯化过程中，每一步均应测定纯度，计算提纯倍数及回收率，确定纯化生产工艺，确保提纯物批次一致性。对于纯度的要求，可根据生物制品的用途、用法来确定。