目的序列与载体DNA正确连接的效率、重组导入细胞的效率都不是百分之百的，因而最后生长繁殖出来的细胞并不都带有目的序列。一般一个载体只携带某一段外源DNA，一个细胞只接受一个重组DNA分子。最后培养出来的细胞群中只有一部分，甚至只有很小一部分是含有目的序列的重组体（recombinant）。将目的重组体筛选出来就等于获得了目的序列的克隆，所以筛选（screening）是基因克隆的重要步骤。

最常见的载体携带的标志是抗药性标志，如抗氨苄西林（ Ampr）、抗四环素 Tetr）、抗卡那霉素（ Kanr）等。当培养基中含有抗生素时，只有携带相应抗药性基因载体的细胞才能生存繁殖，这就把凡未能接受载体DNA的细胞全部筛除掉了。如果外源目的序列是插入在载体的抗药性基因中间使这抗药性基因失活，这个抗药性标志就会消失。例如质粒pBR322含有 Ampr和 Tetr两个抗药基因，若将目的序列插入 Tetr基因序列中，转化大肠埃希菌，让细菌放在含氨苄西林或四环素培养基中，凡未接受质粒DNA的细胞都不能生长；凡在含氨苄西林和四环素中都能生长的细菌是含有质粒pBR322的，但其pBR322未插入目的序列，凡在氨苄西林中能生长而在四环素中不能生长的细菌就很可能是含有目的序列的重组质粒。

载体含有 lacZ’的蓝白筛选法，近年更被广泛应用。例如将目的序列插入前面述及的质粒pUC19的多克隆位点，转化大肠埃希菌，放入含氨苄西林、IPTG、X-gal的培养基中培养，凡能生长并呈白色的菌落，其细菌中就很可能含有插入目的序列的重组质粒，这样就很容易获得目的序列的克隆。

根据重组载体的标志来筛选，可以筛去大量的非目的重组体，但还只是粗筛，例如细菌可能发生变异而引起抗药性的改变，却并不代表目的序列的插入，所以需要作进一步细致的筛选。